Κυρίαρχο σώμα της Ομοσπονδίας και του Εργατικού Κέντρου είναι η Γενική Συνέλευση ή το Συνέδριο των αντιπροσώπων το οποίο γίνεται κάθε τρία χρόνια το αργότερο, από το οποίο εκλέγονται τα μέλη Διοίκησης, η Εξελεγκτική ή Ελεγκτική Επιτροπή, το Γενικό Συμβούλιο και οι αντιπρόσωποι για το συνέδριο της Συνομοσπονδίας.

Αν η πρωτοβάθμια συνδικαλιστική οργάνωση συμμετέχει σε υπερκείμενη δευτεροβάθμια συνδικαλιστική οργάνωση (Εργατικό Κέντρο, Ομοσπονδία) εκλέγει αντιπροσώπους με τους οποίους εκπροσωπείται στη δευτεροβάθμια οργάνωση.

Οι αντιπρόσωποι όλων των πρωτοβάθμιων οργανώσεων που συμμετέχουν στη δευτεροβάθμια συγκροτούν τη Γενική Συνέλευση της δευτεροβάθμιας οργάνωσης ή το Συνέδριο των Αντιπροσώπων όπως συνηθίζεται να ονομάζεται, που είναι και το ανώτατο όργανο της δευτεροβάθμιας οργάνωσης. Για την εκλογή των αντιπροσώπων εφαρμόζεται το σύστημα της απλής αναλογικής (άρθρ.12 παρ.1 ν.1264) καθώς και οι υπόλοιπες εκλογικές διατάξεις του ν.1264 (άρθρο 10).

Το αξίωμα του αντιπροσώπου δεν είναι ασυμβίβαστο με το αξίωμα του μέλους του διοικητικού συμβουλίου της πρωτοβάθμιας οργάνωσης, εκτός αν κάτι τέτοιο προβλέπει το καταστατικό. Τα δικαιώματα και οι υποχρεώσεις των αντιπροσώπων απέναντι στην οργάνωση που αντιπροσωπεύουν ρυθμίζονται από το καταστατικό της οργάνωσης αυτής και από το νόμο. Το καταστατικό της υπερκείμενης συνδικαλιστικής οργάνωσης καθορίζει το μέτρο με το οποίο υπολογίζεται ο αριθμός των αντιπροσώπων κάθε συνδικαλιστικής οργάνωσης – μέλους της. Το μέτρο πρέπει να είναι ενιαίο για όλες τις συνδικαλιστικές οργανώσεις, ώστε να διασφαλίζεται ίση εκπροσώπηση όλων των οργανώσεων στην υπερκείμενη οργάνωση. Ο αριθμός των αντιπροσώπων βρίσκεται με τη διαίρεση του αριθμού των μελών που ψήφισαν για την ανάδειξη των αντιπροσώπων στην πρωτοβάθμια οργάνωση δια του μέτρου που καθορίζει στο καταστατικό της υπερκείμενης οργάνωσης. Αν από τη διαίρεση προκύπτει κλάσμα μικρότερο από το μισό του μέτρου, τότε δεν αντιπροσωπεύεται η οργάνωση. Τα δικαιώματα και οι υποχρεώσεις των αντιπροσώπων απέναντι στην υπερκείμενη οργάνωση ρυθμίζονται από το καταστατικό της υπερκείμενης οργάνωσης, από το νόμο και από τις διατάξεις του Α.Κ. για τα σωματεία (άρθρ.78 επ.) που εφαρμόζονται ανάλογα και στις δευτεροβάθμιες οργανώσεις.